Frente a la progresiva invasión Peruana que se ubicaba en la frontera colombiana, municipio de Puerto Asís, en busca de caucho y balata; el estado delego varias de sus responsabilidades a través de la firma de convenios a los Misioneros Capuchinos: Entre ellas la colonización y educación; quienes piden colaboración a las Hermanas Franciscanas de Maria Inmaculada. Y, desde 1.914 hace presencia la fraternidad Sagrada Familia en Puerto Asís. Cuatro hermanas se unen a la misión emprendida por los Hermanos Capuchinos. Ellas se ocupan de la acción evangelizadora y pedagógica del Orfanato para indígenas y los pocos hijos de los colonos que ya moraban en Puerto Asís; este Orfanato se denomina también “Sagrada Familia” que año por año crecía en numero por causa del incremento de la población. Debido a esto los padres de familia y la Comunidad Religiosa decidieron gestionar ante el Vicariato Apostólico de Sibundoy, Monseñor Placido Camilo Croux, la creación de un Colegio Femenino, y consiguieron la autorización para su funcionamiento que se cristalizó gracias a la resolución No.23 de junio 13 de 1969, bajo la dirección de Educación Nacional Contratada del Vicariato Apostólico de Sibundoy, siendo su primera rectora la Hermana Carmen Elvira Burbano.
En septiembre de 1973 comienza la enseñanza comercial en los cuatro años de ciclo básico iniciando por primero y segundo de bachillerato. Además en esta fecha se divide la primaria en dos escuelas completamente independientes. Pertenece al Colegio Ciudad de Asís la escuela divina Pastora, conformándose así el Colegio Femenino Ciudad de Asís.
Para 1976 aumento el número de estudiantes y, a petición de los padres de familia se trabajo durante dos jornadas
La Institución siguió creciendo hasta constituirse en un Colegio de Modalidad Comercial, ya que vieron la necesidad de preparar a la mujer en este campo por el difícil traslado a otros lugares a continuar sus estudios.
La primera graduación de bachilleres comerciales se efectuó el 26 de junio de 1980 con un grupo de 17 graduandas. Hasta el momento han egresado del plantel 26 promociones.
Mediante la resolución No 00104 del 23 de Mayo de 1994, emanada por la Secretaria de Educación del Putumayo fue renovada su aprobación por cuatro años más a partir del periodo, hasta 1998.
A partir del Decreto No 0591 del 6 de diciembre del 2002 en su Articulo 2 se decreta: Que la Institución Educativa Ciudad de Asís es de naturaleza oficial, con carácter mixto, calendario A, jornada mañana tarde, modalidad técnica. Desde el 13 de enero del 2003 se asocia la Escuela Central de Varones con el Colegio Ciudad de Asís, de acuerdo con la ley 715 Cáp., Art. 9. Esta escuela también tiene su historia: En 1917 se construyo la escuela por orden de Fray Estanislao de la Corts, misionero Capuchino. Consistía en una casona de dos pisos, paredes de tapia y el techo de teja, destinada la parte baja, para dos aulas y la parte alta, funciono hasta 1981 como dormitorio para los internos llamado Orfanato de la Sagrada Familia. Uno de los últimos directores del internado de varones fue don Carlos Alberto Tavares.
En el año lectivo 1918-1919 se dicta la primera resolución de la Escuela Urbana de Varones con el No 18 de Enero 2 de 1918. Y, en 1975 el Señor Libarlo Bonilla Caballero, presidente de la junta de padres de familia de ese entonces le da el nombre de Escuela Central, uno de sus primeros directores es el Señor Julián Antonio Acosta